农林工程甲级监理公司在识别并评估施工方案中可能存在的问题时，通常会采取以下措施：

1. **综合评估：** 对施工方案进行全面综合评估，包括设计文件、施工图纸、技术要求等，确定可能存在的问题领域。

2. **技术专家咨询：** 请技术专家参与，对施工方案进行深入研究和评估，针对性地识别可能存在的技术问题。

3. **风险评估：** 进行风险评估，识别施工方案中可能存在的风险和隐患，包括技术风险、安全风险、质量风险等。

4. **施工工艺分析：** 对施工工艺进行分析，确定是否存在施工流程不合理、工艺错误或者缺失的问题。

5. **材料质量评估：** 评估施工方案中所使用的材料是否符合标准和规范要求，材料质量是否能够满足工程需要。

6. **设备设施检查：** 检查施工方案中所需的施工设备和设施是否完备可靠，确定是否存在设备设施不足或不合理的问题。

7. **施工进度计划分析：** 分析施工进度计划，确定是否存在进度滞后、工期冲突或者进度不合理的问题。

8. **人员素质评估：** 评估施工方案中所需的施工人员素质是否符合要求，确保施工队伍技术水平和安全意识良好。

9. **环境影响考虑：** 考虑施工方案对周边环境可能造成的影响，确定是否存在环境污染、生态破坏等问题。

10. **报告和整改建议：** 将识别的问题整理成报告，提出相应的整改建议，及时与相关单位沟通，并督促采取有效措施解决问题。

通过识别和评估施工方案中可能存在的问题，农林工程甲级监理公司能够及时发现和解决潜在风险，确保施工过程顺利进行，工程质量达标。