农林工程甲级监理公司确定是否存在施工流程不合理的问题时，通常会执行以下步骤：

1. **审查施工图纸和设计方案：** 首先对工程的施工图纸和设计方案进行审查，了解预定的施工流程设定。

2. **比对技术标准和规范：** 将预定的施工流程与相关的技术标准和规范进行比对，确认是否符合要求。

3. **现场实地考察：** 到工程现场进行实地考察，观察实际施工环境和条件，与施工人员沟通交流，了解施工实际情况。

4. **施工流程评估：** 对施工流程进行评估，包括施工工序的顺序、流程环节的衔接、各个施工环节之间的协调性等方面。

5. **效率和质量分析：** 分析施工流程的效率和质量，确定是否存在不必要的繁琐工序或者可能影响工程质量的因素。

6. **安全风险评估：** 考虑施工流程对安全的影响，评估是否存在安全隐患和风险，确保施工流程安全可行。

7. **优化建议提出：** 针对发现的不合理之处，提出相应的优化建议，改进施工流程，提高施工效率和质量。

8. **与相关方沟通协调：** 将发现的问题和优化建议及时与相关的设计单位、施工方及业主单位沟通协调，共同商讨解决方案。

通过以上步骤，农林工程甲级监理公司能够确定施工流程中是否存在不合理之处，并提出相应的改进建议，以确保施工流程顺利进行、有效高效。