农林工程监理公司在高标准农田建设项目中需要对设施的安装过程进行全面监督，以确保设施安装质量和符合性。

具体来说，监督设施的安装过程包括以下几个方面：

1. 设施安装前，监理公司需要对施工单位开展的准备工作进行审查和确认，如施工方案、图纸文件、设备及配件的检查验收等。

2. 设施安装过程中，监理公司需要对施工方案进行审核，确保施工方案符合工程设计和规范要求。

3. 监理公司对安装设施的进度、现场安全及环境卫生等进行管理和监督，确保设施安装进程符合工程计划和安排，现场安全及卫生符合施工现场要求。

4. 对设施及配套设备的具体安装过程进行检查，有针对性地跟进分项检查，针对现场发现的偏差和质量问题，及时给出整改意见和建议。

5. 当设施及配套设备的安装阶段结束后，监理公司需要组织专业技术人员进一步评估设施的稳定性、安全以及性能等，检查强度、配合及其他关键环节。

通过对设施安装过程的全面监督，农林工程监理公司能够及时发现安装质量问题和现场施工安全隐患，为后期运行及管理工作做好基础工作。