农林工程甲级监理公司对工程设计方案、施工计划以及安全措施进行审核的流程通常如下：

1. **收集文件：** 监理公司首先收集项目的设计方案、施工计划以及相关的安全措施文件。

2. **文件审查：** 专业的工程师和安全专家会对这些文件进行详细审查，确保其符合国家和地方相关的法规、标准以及项目的特定要求。

3. **检查合规性：** 审核人员会核查设计方案是否符合工程的实际需求，施工计划是否合理可行，以及安全措施是否完备、符合标准。

4. **风险评估：** 在审查过程中，监理公司会进行初步的风险评估，识别设计方案、施工计划或安全措施可能存在的安全隐患，并提出改进建议。

5. **与设计单位交流：** 如有必要，监理公司会与设计单位进行沟通，讨论设计方案的可行性和安全性，提出必要的修改建议。

6. **提出意见：** 审核完成后，监理公司会向相关方提出审核意见，包括对设计方案、施工计划和安全措施的改进建议。

7. **跟踪整改：** 监理公司会跟踪整改过程，确保设计方案、施工计划和安全措施按照提出的意见进行修改，并在必要时提供支持和指导。

8. **最终确认：** 审核意见得到落实后，监理公司会对修改后的方案进行最终确认，确保其符合相关安全标准和项目要求，方可进入实施阶段。

通过以上审核流程，农林工程甲级监理公司能够确保工程设计方案、施工计划以及安全措施的合规性，从而保障工程项目的安全实施。